A Área de Proteção Ambiental do Boqueirão da Onça, com aproximadamente 505.692 hectares, está localizada nos municípios de Sento Sé, Juazeiro, Sobradinho, Campo Formoso, Umburanas e Morro do Chapéu, no Estado da Bahia. Sua criação foi decretada junto com a do Parque Nacional do Boqueirão da Onça. Juntas, as UCs criam um mosaico que protege uma área contínua de cerca de 853 mil hectares de Caatinga. Ambas foram criadas no último dia de José Sarney Filho como ministro do Meio Ambiente, no governo de Michel Temer.

Tem por objetivos proteger a diversidade biológica e os ambientes naturais, a flora e a fauna da caatinga, incluídas as transições altitudinais; proteger as formações cársticas e os sítios paleontológicos e arqueológicos associados, com destaque para as Grutas Toca da Boa Vista e Toca da Barriguda; proteger e promover a recuperação das formações vegetacionais da área; e conciliar as ações antrópicas com a proteção ao meio ambiente.

Dentro dos limites da APA foram identificadas centenas de famílias de comunidades quilombolas e de fundo de pasto.

Único bioma exclusivamente brasileiro e que ocupa cerca de 11% do território nacional, a Caatinga já teve cerca de metade de sua vegetação original desmatada. É o bioma semiárido mais biodiverso e com alto grau de endemismo. É considerado um dos biomas mais críticos em termos de conservação e ainda muito pouco estudado, estando entre os mais frágeis e menos protegidos no Brasil. É fortemente afetado pelas mudanças climáticas, com períodos de estiagem intensa e a ameaça crescente da desertificação.

A proposta do mosaico surgiu devido a pressões de empresas de mineração e geração de energia eólica (o Boqueirão da Onça está entre as regiões de maior potencial eólico do país), durante o processo de elaboração do plano de criação do Parna do Boqueirão da Onça. Assim, adotou-se a categoria de APA nessas áreas de interesse econômico. Os estudos para criação do Parque se iniciaram em 2002, com a proposta de cerca de 900 mil hectares de proteção integral em área pouco povoada e de difícil acesso. Apesar de se tratar de uma fonte energética renovável, a instalação de torres de energia eólica na região gerou polêmica, pelos impactos que traz à população e à fauna local, o desmatamento causado e o consumo exacerbado de água que a construção deste tipo de empreendimento demanda.

No zoneamento da APA ficou estabelecida a Zona de Vida Silvestre da Toca da Boa Vista, com área de 11.651 hectares, destinada prioritariamente à salvaguarda das áreas de interesse espeleológico e a conservação do habitat de espécies endêmicas, raras, em perigo ou ameaçadas de extinção. Nela, não é permitida a implantação de atividades industriais potencialmente poluidoras, capazes de afetar mananciais de águas; a realização de obras de terraplenagem e a abertura de canais, quando essas iniciativas importarem alteração das condições ecológicas locais, onde a biota será protegida com maior rigor; o exercício de atividades capazes de provocar erosão das terras ou assoreamento das coleções hídricas; o exercício de atividades que ameacem extinguir as espécies raras da biota, o patrimônio espeleológico e arqueológico, as manchas de vegetação primitiva e as nascentes de cursos d'água existentes na região; e o uso de biocidas, quando indiscriminado ou em desacordo com as normas ou recomendações técnicas oficiais. O plano de manejo da APA do Boqueirão da Onça poderá prever outras situações em que atividades que coloquem em risco a proteção ambiental da zona de vida silvestre sejam também proibidas.

Considerada como uma das áreas prioritárias para conservação da Caatinga, a região do Boqueirão da Onça corresponde a um dos maiores e mais conservados remanescentes do bioma, representando um importante abrigo e zona de reprodução para diversas espécies da fauna e flora da região. Constitui um importante refúgio para grandes mamíferos de topo de cadeia, como as onças parda (Puma concolor) e pintada (Panthera onca).

Segundo o Plano de Ação Nacional para conservação da onça pintada (2013), o Boqueirão da Onça, junto com os Parques Nacionais da Serra da Capivara e da Serra das Confusões, representa uma das áreas mais significativas para a conservação da onça pintada na caatinga, guardando provavelmente a maior população dessa espécie no bioma. Historicamente perseguidas pelo mercado de peles e atualmente como forma de retaliação à predação de animais domésticos, uma das principais ameaças à conservação da onça pintada é, no entanto, a intensa redução de seu habitat.

A região também abriga uma enorme diversidade de aves, com mais de 230 espécies identificadas, entre elas a criticamente ameaçada arara-azul-de-lear (Anodorhynchus leari); o beija-flor-de-gravata-vermelha (Augastes lumachella) - que tem distribuição extremamente restrita; o pintassilgo-do-nordeste (Carduelis yarellii); a jacucaca (Penelope jacucaca); o arapaçu-do-nordeste (Xiphocolaptes falcirostris); o bico-virado-da-caatinga (Megaxenops parnaguae); o arapaçu-beija-flor (Campylorhamphus trochilirostris); e o joão-xiquexique (Gyalophylax hellmayri), espécies endêmicas da região. Outras espécies que serão protegidas pelas UCs são o tatu-bola, porco-do-mato, queixada e tamanduá-bandeira.

Com destacada beleza cênica e alto potencial para o ecoturismo, o mosaico protege um conjunto significativo de cavernas, entre elas a Toca da Boa Vista (a maior caverna brasileira em extensão, com 97,3 km) que se interliga com a Toca da Barriguda (com 33 km de extensão), formando o maior conjunto de cavernas do Hemisfério Sul. A região tem grande importância arqueológica, com diversos sítios rupestres estudados há décadas.

Com grande variação no gradiente altitudinal, o mosaico também conserva, acima de 900 metros de altitude, ecossistemas de campos rupestres, que possuem uma biodiversidade única, muito pouco conhecida cientificamente e já seriamente ameaçada. As porções de maior altitude também abrigam nascentes essenciais para a segurança hídrica da região e de toda a Bacia do São Francisco.

Ficam permitidas na APA, excluída a zona de vida silvestre, as atividades de mineração licenciadas pelo órgão ambiental competente, observadas as disposições do plano de manejo.