O Parque Nacional do Boqueirão da Onça contempla uma área de 347.557 hectares e está localizado nos municípios de Sento Sé, Juazeiro, Sobradinho e Campo Formoso, no Estado da Bahia. Sua criação foi decretada junto com a da APA do Boqueirão da Onça. Juntas, as UCs criam um mosaico que protege uma área contínua de cerca de 853 mil hectares de Caatinga. Ambas foram criadas no último dia de José Sarney Filho como ministro do Meio Ambiente, no governo de Michel Temer.

Único bioma exclusivamente brasileiro e que ocupa cerca de 11% do território nacional, a Caatinga já teve cerca de metade de sua vegetação original desmatada. É o bioma semiárido mais biodiverso e com alto grau de endemismo. É considerado um dos biomas mais críticos em termos de conservação e ainda muito pouco estudado, estando entre os mais frágeis e menos protegidos no Brasil. É fortemente afetado pelas mudanças climáticas, com períodos de estiagem intensa e a ameaça crescente da desertificação.

A criação do Parque aumentou em quase 50% a área do bioma Caatinga que era protegida por unidades de conservação federais de proteção integral até então. A área protegida do bioma passa de 7,7% para cerca de 9%. O Parque possui a segunda maior área dentre as UCs de proteção integral do bioma, ficando atrás apenas do Parque Nacional da Serra das Confusões.

Os estudos para criação do Parque se iniciaram em 2002, com a proposta de cerca de 900 mil hectares de proteção integral em área pouco povoada e de difícil acesso. A proposta da criação do mosaico surgiu devido a pressões de empresas de mineração e geração de energia eólica (o Boqueirão da Onça está entre as regiões de maior potencial eólico do país), adotando-se a categoria de APA nessas áreas de interesse econômico. Apesar de se tratar de uma fonte energética renovável, a instalação de torres de energia eólica na região gerou polêmica, pelos impactos que traz à população e à fauna local, o desmatamento causado e o consumo exacerbado de água que a construção deste tipo de empreendimento demanda.

Ficaram excluídos dos limites descritos do Parna a faixa de domínio das Rodovias BA-210, BA- 144, BR- 122 e BR- 324; uma faixa de aproximadamente 300 metros de largura; e o reservatório da Usina Hidrelétrica de Sobradinho e suas variações de volume.

Considerada como uma das áreas prioritárias para conservação da Caatinga, a região do Boqueirão da Onça corresponde a um dos maiores e mais conservados remanescentes do bioma, representando um importante abrigo e zona de reprodução para diversas espécies da fauna e flora da região. Constitui um importante refúgio para grandes mamíferos de topo de cadeia, como as onças parda (Puma concolor) e pintada (Panthera onca).

Segundo o Plano de Ação Nacional para conservação da onça pintada (2013), o Boqueirão da Onça, junto com os Parques Nacionais da Serra da Capivara e da Serra das Confusões, representa uma das áreas mais significativas para a conservação da onça pintada na caatinga, guardando provavelmente a maior população dessa espécie no bioma. Historicamente perseguidas pelo mercado de peles e atualmente como forma de retaliação à predação de animais domésticos, uma das principais ameaças à conservação da onça pintada é, no entanto, a intensa redução de seu habitat.

A região também abriga uma enorme diversidade de aves, com mais de 230 espécies identificadas, entre elas a criticamente ameaçada arara-azul-de-lear (Anodorhynchus leari); o beija-flor-de-gravata-vermelha (Augastes lumachella) - que tem distribuição extremamente restrita; o pintassilgo-do-nordeste (Carduelis yarellii); a jacucaca (Penelope jacucaca); o arapaçu-do-nordeste (Xiphocolaptes falcirostris); o bico-virado-da-caatinga (Megaxenops parnaguae); o arapaçu-beija-flor (Campylorhamphus trochilirostris); e o joão-xiquexique (Gyalophylax hellmayri), espécies endêmicas da região. Outras espécies que serão protegidas pelas UCs são o tatu-bola, porco-do-mato, queixada e tamanduá-bandeira.

Com destacada beleza cênica e alto potencial para o ecoturismo, o Parque também protege um conjunto significativo de cavernas, entre elas a Toca da Boa Vista (a maior caverna brasileira em extensão, com 97,3 km) que se interliga com a Toca da Barriguda (com 33 km de extensão), formando o maior conjunto de cavernas do Hemisfério Sul. A região tem grande importância arqueológica, com diversos sítios rupestres estudados há décadas.

Com grande variação no gradiente altitudinal, o Parque também conserva, acima de 900 metros de altitude, ecossistemas de campos rupestres, que possuem uma biodiversidade única, muito pouco conhecida cientificamente e já seriamente ameaçada. As porções de maior altitude também abrigam nascentes essenciais para a segurança hídrica da região e de toda a Bacia do São Francisco.

Ficam excluídos dos limites descritos do Parna a faixa de domínio das Rodovias BA-210, BA- 144, BR- 122 e BR- 324; a faixa de aproximadamente 300 metros de largura assim descrita (...) o reservatório da Usina Hidrelétrica de Sobradinho e suas variações de volume. A zona de amortecimento do Parna do Boqueirão da Onça será definida em ato específico do Presidente do ICMBio ficam permitidas, na zona de amortecimento de que trata o caput , as atividades eólicas, as atividades de operação e manutenção da infraestrutura hidroviária do rio São Francisco e as atividades de logística de escoamento de produção devidamente licenciadas pelo órgão ambiental competente, observadas as disposições do Plano de Manejo, quando houver